由于事業(yè)單位業(yè)務(wù)范圍、財(cái)務(wù)管理、會(huì)計(jì)核算的特殊性，按照國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)《事業(yè)單位社會(huì)團(tuán)體民辦非企業(yè)單位企業(yè)所得稅征收管理辦法》以及其他相關(guān)規(guī)定計(jì)算并交納企業(yè)所得。伴隨著我國(guó)經(jīng)濟(jì)體制改革的進(jìn)行和WTO的加入，我國(guó)的事業(yè)單位的業(yè)務(wù)活動(dòng)范圍不斷擴(kuò)大，服務(wù)對(duì)象、收入來源渠道多元化，單位支出相對(duì)多樣復(fù)雜，事業(yè)單位企業(yè)所得稅管理相關(guān)規(guī)定與事業(yè)單位實(shí)際的業(yè)務(wù)發(fā)展方向、會(huì)計(jì)核算處理等方面表現(xiàn)出諸多不協(xié)調(diào)之處。
一、關(guān)于“三新”技術(shù)開發(fā)費(fèi)用支出抵扣應(yīng)納稅所得額問題
根據(jù)國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)《企業(yè)技術(shù)開發(fā)費(fèi)稅前扣除管理辦法》的通知，納稅人在一個(gè)納稅年度生產(chǎn)經(jīng)營(yíng)中發(fā)生的用于研究開發(fā)新產(chǎn)品、新技術(shù)、新工藝的各項(xiàng)費(fèi)用，允許在交納企業(yè)所得稅前扣除。國(guó)有、集體工業(yè)企業(yè)及國(guó)有、集體企業(yè)控股并從事工業(yè)生產(chǎn)經(jīng)營(yíng)的股份制企業(yè)、聯(lián)營(yíng)企業(yè)發(fā)生的技術(shù)開發(fā)費(fèi)比上年增長(zhǎng)10%（含10%）以上的，經(jīng)稅務(wù)機(jī)關(guān)審核批準(zhǔn)，允許再按技術(shù)開發(fā)費(fèi)實(shí)際發(fā)生額的50%，抵扣當(dāng)年度的應(yīng)納稅所得額。為增加和擴(kuò)大收入來源，事業(yè)單位尤其是科研事業(yè)單位的“三新”技術(shù)開發(fā)支出普遍較大，但事業(yè)單位卻沒有包括在內(nèi)，不符合稅法應(yīng)該體現(xiàn)的納稅主體公平待遇原則和一致性原則。
1、從法律層次上講，事業(yè)單位按照《事業(yè)單位社會(huì)團(tuán)體民辦非企業(yè)單位企業(yè)所得稅征收管理辦法》規(guī)定交納所得稅，而《事業(yè)單位社會(huì)團(tuán)體民辦非企業(yè)單位企業(yè)所得稅征收管理辦法》又是根據(jù)《中華人民共和國(guó)企業(yè)所得稅暫行條例》制訂的，事業(yè)單位作為一個(gè)具有獨(dú)立民事權(quán)利和義務(wù)的事業(yè)法人，企業(yè)享受的待遇事業(yè)單位也應(yīng)享受。
2、從稅法體現(xiàn)的精神上講，《企業(yè)技術(shù)開發(fā)費(fèi)稅前扣除管理辦法》應(yīng)該體現(xiàn)鼓勵(lì)全社會(huì)進(jìn)行技術(shù)創(chuàng)新、技術(shù)進(jìn)步，增強(qiáng)社會(huì)發(fā)展的后勁。事業(yè)單位和其他納稅人根據(jù)事業(yè)發(fā)展需要自籌資金投入的研發(fā)支出，都應(yīng)該予以抵免，以降低事業(yè)單位的納稅成本和提升事業(yè)單位的市場(chǎng)競(jìng)爭(zhēng)力。
二、關(guān)于技術(shù)改造國(guó)產(chǎn)設(shè)備投資抵免所得稅問題
為鼓勵(lì)企業(yè)加大投資力度，支持企業(yè)技術(shù)改造，促進(jìn)產(chǎn)品結(jié)構(gòu)調(diào)整和經(jīng)濟(jì)穩(wěn)定發(fā)展，國(guó)務(wù)院有關(guān)部委制定了《企業(yè)技術(shù)改造國(guó)產(chǎn)設(shè)備投資抵免企業(yè)所锝稅暫行辦法》，規(guī)定從1999年7月1日起，凡在我國(guó)境內(nèi)投資于符合國(guó)家產(chǎn)業(yè)政策的技術(shù)改造項(xiàng)目的企業(yè)，其項(xiàng)目所需國(guó)產(chǎn)設(shè)備投資的40%，可從設(shè)備購(gòu)置的當(dāng)年比上一年新增的企業(yè)所得稅中抵免。在稅務(wù)部門的實(shí)際實(shí)施和管理過程中要求應(yīng)用此政策的法人必須出具《企業(yè)法人營(yíng)業(yè)執(zhí)照》。當(dāng)今時(shí)代是經(jīng)濟(jì)結(jié)構(gòu)和產(chǎn)業(yè)結(jié)構(gòu)飛速調(diào)整的時(shí)期，事業(yè)單位改制和事業(yè)單位企業(yè)化管理趨勢(shì)都要求事業(yè)單位研發(fā)成果自身轉(zhuǎn)化為實(shí)物產(chǎn)品生產(chǎn)時(shí)，需要較大規(guī)模的固定資產(chǎn)投資支出。此項(xiàng)規(guī)定明顯帶有計(jì)劃經(jīng)濟(jì)的色彩，應(yīng)該按照市場(chǎng)經(jīng)濟(jì)的規(guī)律，凡是有利于科技進(jìn)步，促進(jìn)生產(chǎn)力水平提高，投資于市場(chǎng)急需和社會(huì)發(fā)展的產(chǎn)業(yè)，都應(yīng)享受此項(xiàng)稅收抵免。 財(cái)會(huì)論文網(wǎng) WWW.KUAIJILUNWEN.COM
三、關(guān)于稅收、會(huì)計(jì)制度確認(rèn)收入原則問題
按照《事業(yè)單位社會(huì)團(tuán)體民辦非企業(yè)單位企業(yè)所得稅征收管理辦法》規(guī)定，事業(yè)單位、社會(huì)團(tuán)體、民辦非企業(yè)單位應(yīng)納稅所得額的計(jì)算，以權(quán)責(zé)發(fā)生制為原則；在計(jì)算應(yīng)納稅所得額時(shí)，其財(cái)務(wù)、會(huì)計(jì)處理方法同稅收不一致的，應(yīng)當(dāng)依照稅收規(guī)定計(jì)算納稅。
1、事業(yè)單位核算遵循的原則既有收付實(shí)現(xiàn)制，又有權(quán)責(zé)發(fā)生制，按照該辦法的要求實(shí)行權(quán)責(zé)發(fā)生制進(jìn)行應(yīng)納稅所得額的計(jì)算，但并沒有明確調(diào)整的具體項(xiàng)目和方法，由于事業(yè)單位的多樣性和會(huì)計(jì)、稅務(wù)人員對(duì)具體經(jīng)濟(jì)業(yè)務(wù)事項(xiàng)的判斷及理解程度的不同，難免會(huì)造成事業(yè)單位與稅務(wù)機(jī)關(guān)對(duì)同一經(jīng)濟(jì)業(yè)務(wù)的不同認(rèn)識(shí)和處理意見。
2、對(duì)于上述兩種方法計(jì)算事業(yè)收入的差異如果涉及以前年度應(yīng)納稅所得額調(diào)整，該如何調(diào)整沒有明確。例如事業(yè)單位對(duì)投資收益的計(jì)算按會(huì)計(jì)制度的要求收付實(shí)現(xiàn)制，當(dāng)年收到的投資收益可能是以前年度，按權(quán)責(zé)發(fā)生制的原則不應(yīng)交納企業(yè)所得稅。稅法又沒有明確要求按追溯調(diào)整法和未來使用法來進(jìn)行核算企業(yè)所得稅。
因此，有關(guān)事業(yè)單位稅收與會(huì)計(jì)制度規(guī)定經(jīng)濟(jì)業(yè)務(wù)不同的處理方法形成的調(diào)整事項(xiàng)規(guī)定必須明確。
四、關(guān)于事業(yè)單位“修購(gòu)基金”扣除問題
按照《事業(yè)單位社會(huì)團(tuán)體民辦非企業(yè)單位企業(yè)所得稅征收管理辦法》第九條規(guī)定，按照財(cái)務(wù)會(huì)計(jì)制度規(guī)定計(jì)提的修購(gòu)基金，在計(jì)征企業(yè)所得稅時(shí)不得在稅前扣除。
事業(yè)單位固定資產(chǎn)更新改造主要依靠單位提取的修購(gòu)基金解決，按照財(cái)務(wù)會(huì)計(jì)規(guī)定此科目登記按照規(guī)定計(jì)提的固定資產(chǎn)使用費(fèi)、修理費(fèi)和有償轉(zhuǎn)讓固定資產(chǎn)的收入、固定資產(chǎn)報(bào)廢后的殘值收入；以及固定資產(chǎn)的購(gòu)建和技術(shù)改造及修理的支出等。按照稅法的規(guī)定，計(jì)提的修購(gòu)基金在計(jì)征所得稅時(shí)不得在稅前扣除，固定資產(chǎn)修理費(fèi)就不能在稅前扣除，稅法規(guī)定的不得扣除的項(xiàng)目是和生產(chǎn)經(jīng)營(yíng)無關(guān)的項(xiàng)目，但固定資產(chǎn)修理費(fèi)是和生產(chǎn)經(jīng)營(yíng)密切相關(guān)的費(fèi)用，不能在稅前列支明顯不符合稅法的原則精神。如果固定資產(chǎn)的維修費(fèi)總額超過計(jì)提總額，也應(yīng)據(jù)實(shí)在稅前列支。
因此應(yīng)把固定資產(chǎn)修理費(fèi)實(shí)際支出數(shù)（不按計(jì)提數(shù)）作為成本費(fèi)用的一項(xiàng)允許在稅前列支，如果固定資產(chǎn)的維修費(fèi)總額超過計(jì)提總額也應(yīng)據(jù)實(shí)在稅前列支。但目前事業(yè)單位企業(yè)所得稅申報(bào)表不含此項(xiàng)內(nèi)容，應(yīng)予補(bǔ)充完善。
五、關(guān)于稅法和事業(yè)單位會(huì)計(jì)核算對(duì)事業(yè)項(xiàng)目撥款收入確認(rèn)的區(qū)別問題
《事業(yè)單位社會(huì)團(tuán)體民辦非企業(yè)單位企業(yè)所得稅征收管理辦法》第四條要求事業(yè)項(xiàng)目收入要有財(cái)政部門、上級(jí)主管部門撥款證明才能準(zhǔn)予扣除。但財(cái)務(wù)會(huì)計(jì)對(duì)項(xiàng)目周期長(zhǎng)、跨年度的合同，對(duì)年度結(jié)算價(jià)款有困難的，依據(jù)事業(yè)項(xiàng)目收入和費(fèi)用支出配比的原則，將年度事業(yè)成本實(shí)際支出數(shù)扣除財(cái)政補(bǔ)助收入應(yīng)當(dāng)沖減部分，加上本年度事業(yè)項(xiàng)目收益后確認(rèn)為當(dāng)年項(xiàng)目事業(yè)收入。這樣就造成項(xiàng)目實(shí)際撥款和會(huì)計(jì)確認(rèn)的項(xiàng)目收入之間產(chǎn)生差異，特別是項(xiàng)目的實(shí)際撥款遠(yuǎn)遠(yuǎn)小于項(xiàng)目的實(shí)際成本支出時(shí)。
國(guó)家撥付事業(yè)經(jīng)費(fèi)的項(xiàng)目超支金額，從稅務(wù)的角度明顯不能扣除。但對(duì)事業(yè)單位尤其對(duì)科研事業(yè)單位來說明顯不合理，科研事業(yè)單位為了保證國(guó)家重點(diǎn)科研項(xiàng)目的自主知識(shí)產(chǎn)權(quán)和民族科技工業(yè)發(fā)展的需要，必須保證某些重點(diǎn)科研項(xiàng)目的研制成功，科研投入本身有許多不可預(yù)見的因素，國(guó)家在撥款的時(shí)候也不可能準(zhǔn)確，因此事業(yè)經(jīng)費(fèi)尤其是國(guó)家立項(xiàng)的重點(diǎn)科研項(xiàng)目超支金額應(yīng)據(jù)實(shí)扣除。
六、關(guān)于“投資收益”的填列問題
事業(yè)單位對(duì)外“投資收益”發(fā)生額應(yīng)該填列在《事業(yè)單位社會(huì)團(tuán)體民辦非企業(yè)單位企業(yè)所得稅征收管理辦法》附件1《事業(yè)單位企業(yè)所得稅納稅申報(bào)表》的第8行“收入總額－其他收入”項(xiàng)目?jī)?nèi)，其按照分配方所在地和收益方所在地的所得稅稅率差計(jì)算出的補(bǔ)稅額可以在該表的第52行“加：境內(nèi)投資收益補(bǔ)稅額”填列。
