一是規(guī)章制度待完善。系統(tǒng)運行后，人民銀行會計業(yè)務管理工作發(fā)生很大變化，原有的一些規(guī)章制度已經不再適用，導致會計人員辦理業(yè)務缺乏統(tǒng)一的規(guī)章制度，影響了會計業(yè)務的規(guī)范化管理。
二是崗位職責待規(guī)范。系統(tǒng)及操作規(guī)程未規(guī)定操作人員崗位職責，各地自行制定的崗位職責不盡統(tǒng)一，不利于上級行實行統(tǒng)一管理。
三是自身損益難掌握。由地市中心支行和轄屬縣支行共同使用系統(tǒng)設置的統(tǒng)一費用賬戶，網點卻不能即時查詢本網點費用賬戶余額信息，難以及時發(fā)現(xiàn)錄入錯誤。同時，由于利息支出統(tǒng)一由核算中心記賬，縣支行生成打印的損益表中沒有反映，難以全面、準確掌握自身的損益狀況。
四是往賬風險難防范。網點發(fā)生的聯(lián)行業(yè)務生成聯(lián)行往賬信息后，上傳核算中心聯(lián)行柜，由聯(lián)行柜添加相關信息后生成和發(fā)出聯(lián)行業(yè)務。由于網點持有業(yè)務的原始憑證，聯(lián)行柜無法對接收的網點信息進行核對，資金風險難以在日常核算過程中進行有效控制。五是記賬憑證難適用。系統(tǒng)的記賬方式改為“一記雙訖”，所有相關業(yè)務（表外及特殊業(yè)務除外）實行借貸雙方同時等額記賬，生成一個流水號，且系統(tǒng)要求需錄入的憑證要素變化較大。因此，目前沿用的許多單式記賬憑證的格式、要素等不能滿足業(yè)務的實際需要。
