PE目前主要的組織形式有三種：公司制、信托制和有限合伙制。由于監(jiān)管部門未放行信托PE企業(yè)IPO項目，信托公司以PE方式參股企業(yè)的投資方式因無法上市，難以實現(xiàn)預(yù)期中的高額回報，可謂有進(jìn)無退，所以《合伙企業(yè)法》頒布之前PE是以公司制形式為主的，隨著有限合伙制PE的不斷發(fā)展，公司制已經(jīng)不再是PE的主流模式了，而是公司制與有限合伙制并存，這兩種組織形式孰優(yōu)孰劣應(yīng)從多方面去進(jìn)行權(quán)衡。
一、稅收比較
有限合伙制PE只需要征收一次稅收，即個人所得稅，根據(jù)財稅[2008]159號《財政部國家稅務(wù)總局關(guān)于合伙企業(yè)合伙人所得稅問題的通知》：合伙企業(yè)生產(chǎn)經(jīng)營所得和其他所得采取“先分后稅”的原則。具體應(yīng)納稅所得額的計算按照《關(guān)于個人獨資企業(yè)和合伙企業(yè)投資者征收個人所得稅的規(guī)定》（財稅[2000]91號）及《財政部國家稅務(wù)總局關(guān)于調(diào)整個體工商戶個人獨資企業(yè)和合伙企業(yè)個人所得稅稅前扣除標(biāo)準(zhǔn)有關(guān)問題的通知》（財稅[2008]65號）的有關(guān)規(guī)定執(zhí)行，提高了合伙企業(yè)投資者本人的費用扣除標(biāo)準(zhǔn)，這個通知還在合伙企業(yè)向其從業(yè)人員實際支付的合理的工資、薪金支出、合伙企業(yè)撥繳的工會經(jīng)費、發(fā)生的職工福利費、職工教育經(jīng)費支出、業(yè)務(wù)招待費支出、廣告費和業(yè)務(wù)宣傳費扣除標(biāo)準(zhǔn)等方面采取了與公司法類似的規(guī)定。以應(yīng)納稅所得額10萬為例，應(yīng)繳納個人所得稅100000*35%-14750=20250元，綜合稅率為20250/100000=20.25%，隨著收入額的增高，最高稅率近35%。
而公司制PE則需要承擔(dān)雙重稅負(fù)：一重是公司正常運營獲取利潤時要繳納25%的企業(yè)所得稅，第二重是公司稅后利潤在分配給股東時，個人投資還要按照股息、紅利、財產(chǎn)轉(zhuǎn)讓所得繳納20%的個人所得稅。不考慮稅收優(yōu)惠等因素，綜合稅率為25%+（1-25%）*20%=40%；但是目前國家關(guān)于公司制PE創(chuàng)業(yè)投資基金的稅收優(yōu)惠政策比較成熟，根據(jù)《中華人民共和國企業(yè)所得稅法》第二十六條企業(yè)的符合條件的居民企業(yè)之間的股息、紅利等權(quán)益性投資收益屬于免稅收入，這樣公司取得的被投資企業(yè)的股息、紅利不需繳納第一重企業(yè)所得稅，股東分配最終只需承擔(dān)20%的第二重稅收，綜合稅率為20%；第三十一條創(chuàng)業(yè)投資企業(yè)從事國家需要重點扶持和鼓勵的創(chuàng)業(yè)投資，可以按投資額的一定比例抵扣應(yīng)納稅所得額。根據(jù)《關(guān)于促進(jìn)創(chuàng)業(yè)投資企業(yè)發(fā)展有關(guān)稅收政策的通知》（財稅[2008]65號）：創(chuàng)業(yè)投資企業(yè)采取股權(quán)投資方式投資于未上市中小高新技術(shù)企業(yè)2年以上(含2年)，凡符合條件的，可按其對中小高新技術(shù)企業(yè)投資額的70％抵扣該創(chuàng)業(yè)投資企業(yè)的應(yīng)納稅所得額。目前國家關(guān)于創(chuàng)業(yè)投資基金的稅收優(yōu)惠政策，僅針對公司制創(chuàng)業(yè)投資基金，合伙企業(yè)不適用本法。故合伙制創(chuàng)投企業(yè)不能享受此法所規(guī)定的優(yōu)惠。在這樣的稅法框架下，若一家公司制PE在投資時較好地綜合運用國家給予的鼓勵性的稅收政策，綜合所得稅率會低于15%，仍會傾向于公司制的組織形式。
不過，不同地區(qū)針對有限合伙PE和公司制PE又有相應(yīng)的特殊優(yōu)惠政策。如北京市、天津市、蘇州、深圳等地對有限合伙PE自然人有限合伙人和自然人普通合伙人取得的投資收益或股權(quán)轉(zhuǎn)讓收益，稅率采用20%。此外，新設(shè)立PE可根據(jù)具體地區(qū)、公司不同稅賦水平及投資方向和可以享受的稅收優(yōu)惠綜合考慮確定哪種組織形式進(jìn)行注冊設(shè)立。例如，類似社?；疬@樣的免稅主體如果投資到有限合伙制的PE將獲得按投資協(xié)議分配的全部收益，而如果投入到公司制的PE則在分配之前就需要扣除PE機構(gòu)本身的所得稅。
二、股東收益與所承擔(dān)風(fēng)險分析
公司制PE要求同股同利，《中華人民共和國公司法》第三十五條 股東按照實繳的出資比例分取紅利；公司新增資本時，股東有權(quán)優(yōu)先按照實繳的出資比例認(rèn)繳出資。但是，全體股東約定不按照出資比例分取紅利或者不按照出資比例優(yōu)先認(rèn)繳出資的除外。
而有限合伙制的PE在收益分配上很靈活?！吨腥A人民共和國合伙企業(yè)法》第三十三條規(guī)定：合伙企業(yè)的利潤分配、虧損分擔(dān)，按照合伙協(xié)議的約定辦理；合伙協(xié)議未約定或者約定不明確的，由合伙人協(xié)商決定；協(xié)商不成的，由合伙人按照實繳出資比例分配、分擔(dān)；無法確定出資比例的，由合伙人平均分配、分擔(dān)。PE行業(yè)為了激勵基金管理人(GP)，根據(jù)行業(yè)慣例，有限合伙制的PE可以在合伙人之間的協(xié)議中約定收益分配方式，通常會給予基金管理人15%—25%的基金利潤分成，而只要求管理人(或公司)投入1%—2%的基金份額。當(dāng)然很多情況下，投資者會要求投資利潤率超過一定水平(一般為8%)之后，再計算管理分紅。鼓勵富人作為有限合伙人(LP)，“能人”作為一般合伙人(GP)參與企業(yè)經(jīng)營，較好地將“能人”和“富人”有機地結(jié)合起來，有利于最大程度上降低風(fēng)險、擴(kuò)大融資規(guī)模以及加強激勵約束，從而成為風(fēng)險投資機構(gòu)的一種新型的企業(yè)組織形式。
公司制PE和有限合伙制PE在承擔(dān)責(zé)任與風(fēng)險方面也有所不同：
《中華人民共和國公司法》第三條規(guī)定：公司是企業(yè)法人，有獨立的法人財產(chǎn)，享有法人財產(chǎn)權(quán)。公司以其全部財產(chǎn)對公司的債務(wù)承擔(dān)責(zé)任。有限責(zé)任公司的股東以其認(rèn)繳的出資額為限對公司承擔(dān)責(zé)任；股份有限公司的股東以其認(rèn)購的股份為限對公司承擔(dān)責(zé)任。
《中華人民共和國合伙企業(yè)法》第二條規(guī)定：有限合伙企業(yè)由普通合伙人和有限合伙人組成，普通合伙人對合伙企業(yè)債務(wù)承擔(dān)無限連帶責(zé)任，有限合伙人以其認(rèn)繳的出資額為限對合伙企業(yè)債務(wù)承擔(dān)責(zé)任。
有限合伙人（LP）只在其認(rèn)繳范圍內(nèi)承擔(dān)有限風(fēng)險，普通投資者的收益可以得到更好的保護(hù)。而作為普通合伙人（GP）的基金管理人要對合伙企業(yè)債務(wù)承擔(dān)無限連帶責(zé)任。
有限合伙企業(yè)至少應(yīng)當(dāng)有一個普通合伙人?；鸸芾砣苏怯邢藓匣锲髽I(yè)的唯一普通合伙人。但是，雖然基金管理人取得高收益的同時要承擔(dān)無限連帶責(zé)任的高風(fēng)險，卻有很多有限合伙企業(yè)的普通合伙人采用各種方式來規(guī)避無限責(zé)任，如先注冊有限公司，再以有限公司形式加入有限合伙企業(yè)作為普通合伙人，這樣即使承擔(dān)無限責(zé)任，也是以該有限公司為限承擔(dān)有限責(zé)任，即也是僅承擔(dān)了有限責(zé)任，所以并沒有承擔(dān)高風(fēng)險卻享有了高收益，因此在選擇普通合伙人時，出資者要盡量對普通合伙人（GP）的資金實力、股東背景以及行業(yè)信譽進(jìn)行詳細(xì)分析，避免損害有限合伙人的權(quán)益。
三、資金成本比較
資金的使用是每個出資者所關(guān)心的重要問題之一，公司制PE有注冊資本和繳付期的規(guī)定，公司成立后一段時期內(nèi)需繳足注冊資本金?！吨腥A人民共和國公司法》第二十八條規(guī)定：股東應(yīng)當(dāng)按期足額繳納公司章程中規(guī)定的各自所認(rèn)繳的出資額。股東以貨幣出資的，應(yīng)當(dāng)將貨幣出資足額存入有限責(zé)任公司在銀行開設(shè)的賬戶；以非貨幣財產(chǎn)出資的，應(yīng)當(dāng)依法辦理其財產(chǎn)權(quán)的轉(zhuǎn)移手續(xù)。股東不按照前款規(guī)定繳納出資的，除應(yīng)當(dāng)向公司足額繳納外，還應(yīng)當(dāng)向已按期足額繳納出資的股東承擔(dān)違約責(zé)任。第二十九條規(guī)定：股東繳納出資后，必須經(jīng)依法設(shè)立的驗資機構(gòu)驗資并出具證明。
而有限合伙制PE采用“承諾出資”制，《中華人民共和國合伙企業(yè)法》第十七條規(guī)定：合伙人應(yīng)當(dāng)按照合伙協(xié)議約定的出資方式、數(shù)額和繳付期限，履行出資義務(wù)。
以非貨幣財產(chǎn)出資的，依照法律、行政法規(guī)的規(guī)定，需要辦理財產(chǎn)權(quán)轉(zhuǎn)移手續(xù)的，應(yīng)當(dāng)依法辦理。也即PE沒有公司注冊資本的嚴(yán)格約束，只需要在設(shè)立時約定承諾投資規(guī)模。只有在確定投資某一個項目時，基金管理人會通知所有的有限合伙人按承諾認(rèn)繳基金份額和項目總投資額計算并交付資金，由基金管理人集合資金后進(jìn)行投資。每一個投資項目均如此操作，直到基金規(guī)模用盡為止或基金到期。在沒有確定投資項目之前，PE不保留資本金。任何資金都是有成本的(例如機會成本)，PE的“承諾出資制”最大限度地減少了資金成本，避免了資金的浪費；另一方面合伙人可以直接將基金權(quán)益賬戶中的資金退出，這種操作性良好的資金募集和退出的運作方式能夠有效提高PE的運營效率。
四、經(jīng)營期限比較
公司制假設(shè)公司可以“永續(xù)經(jīng)營”，而有限合伙制按照契約的規(guī)定有一個經(jīng)營期限，一般為10年左右，這種不能永續(xù)經(jīng)營性可以為市場提供一個簡單可行的淘汰機制，如果管理人不能經(jīng)營好一個合伙制的基金，它就會被市場淘汰。
通過以上四個方面的分析，出資人可根據(jù)自身具體情況以及PE擬設(shè)立地點綜合分析決定PE采用哪種組織形式進(jìn)行注冊登記。
