我國土地增值稅實(shí)行預(yù)征和清算相結(jié)合的征管制度，納稅人在項(xiàng)目預(yù)售階段預(yù)繳稅款，待該項(xiàng)目全部竣工、辦理結(jié)算后再進(jìn)行清算，多退少補(bǔ)，在清算環(huán)節(jié)中應(yīng)納稅額采取核準(zhǔn)制，納稅人按照主管稅務(wù)機(jī)關(guān)審核確認(rèn)的補(bǔ)退稅金額進(jìn)行清算。因此，了解稅務(wù)機(jī)關(guān)的審核重點(diǎn)，是做好土地增值稅清算工作的一項(xiàng)重要事宜。
土地增值稅清算審核中，建筑面積的審核是一項(xiàng)基礎(chǔ)性工作，也是整個(gè)清算工作的關(guān)鍵環(huán)節(jié)。在稅務(wù)機(jī)關(guān)土地增值稅清算審核中，建筑面積的審核分為以下四個(gè)步驟：
?。ㄒ唬徍隧?xiàng)目立項(xiàng)批復(fù)，確定土地增值稅清算對(duì)象。
《國家稅務(wù)總局關(guān)于房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)土地增值稅清算管理有關(guān)問題的通知》（國稅發(fā)〔2006〕187號(hào)）第一條規(guī)定，土地增值稅以國家有關(guān)部門審批的房地產(chǎn)開發(fā)項(xiàng)目為單位進(jìn)行清算，對(duì)于分期開發(fā)的項(xiàng)目，以分期項(xiàng)目為單位清算。
由于土地增值稅是地方稅，各省、自治區(qū)與直轄市根據(jù)自身房地產(chǎn)開發(fā)行業(yè)的特點(diǎn)，發(fā)布了適用于本地開發(fā)項(xiàng)目的清算政策。例如，《北京市地方稅務(wù)局關(guān)于土地增值稅清算管理若干問題的通知》（京地稅地〔2007〕325號(hào)）第四條規(guī)定，對(duì)于一個(gè)房地產(chǎn)開發(fā)項(xiàng)目，在開發(fā)過程中分期建設(shè)、分期取得施工許可證和銷售許可證的，主管地方稅務(wù)機(jī)關(guān)可以根據(jù)實(shí)際情況要求納稅人分期進(jìn)行清算。
北京市土地增值稅征管實(shí)務(wù)中，在商品房取得預(yù)售款項(xiàng)前，以發(fā)改委的項(xiàng)目審批到主管稅務(wù)機(jī)關(guān)備案，核定預(yù)征率按項(xiàng)目預(yù)繳土地增值稅。在項(xiàng)目銷售比例達(dá)到85%以上時(shí)，稅務(wù)機(jī)關(guān)向企業(yè)下達(dá)清算通知書，按照整體項(xiàng)目進(jìn)行土地增值稅清算，不要求分期清算。企業(yè)根據(jù)項(xiàng)目的實(shí)際情況測算分期清算的應(yīng)納稅額，若稅負(fù)低于整體項(xiàng)目的清算稅負(fù)，應(yīng)向主管稅務(wù)機(jī)關(guān)提供分期開發(fā)的資料，申請(qǐng)分期清算土地增值稅。
?。ǘ徍恕拔遄C”，確保項(xiàng)目的清算范圍真實(shí)完整。
將土地出讓合同、土地使用證、建設(shè)用地規(guī)劃許可證的占地面積進(jìn)行核對(duì)，若出現(xiàn)面積不一致的情況，需確定清算項(xiàng)目的實(shí)際占地面積。
將建設(shè)工程規(guī)劃許可證、開工證、竣工備案表、實(shí)測報(bào)告（辦理產(chǎn)權(quán)登記版）的總建筑面積進(jìn)行核對(duì)，若出現(xiàn)異常差異（超過），重點(diǎn)審查各個(gè)證件對(duì)應(yīng)的面積是否完整或者重復(fù)，確定清算項(xiàng)目的實(shí)際總建筑面積。
?。ㄈ徍藴y繪報(bào)告，確定項(xiàng)目的總建筑面積、可售面積及不可售面積。
按照國稅發(fā)〔2006〕187號(hào)文件第四條規(guī)定，房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)開發(fā)建造的與清算項(xiàng)目配套的居委會(huì)和派出所用房、會(huì)所、停車場（庫）、物業(yè)管理場所、變電站、熱力站、水廠、文體場館、學(xué)校、幼兒園、托兒所、醫(yī)院、郵電通訊等公共設(shè)施，建成后產(chǎn)權(quán)屬于全體業(yè)主所有或建成后無償移交給政府、公用事業(yè)單位用于非營利性社會(huì)公共事業(yè)的面積，作為不可售面積。北京市規(guī)定的清算政策中對(duì)“建成后產(chǎn)權(quán)屬于全體業(yè)主所有的”確認(rèn)原則，“建成后無償移交給政府、公用事業(yè)單位用于非營利性社會(huì)公共事業(yè)的”證明材料進(jìn)行了明確。
由于業(yè)主委員會(huì)為非法人機(jī)構(gòu)，無法接收物業(yè)產(chǎn)權(quán)，北京市的土地增值稅清算實(shí)務(wù)中，會(huì)所、地下停車場（人防改造的地下停車場除外）作為可售面積，未售時(shí)需預(yù)留相關(guān)成本費(fèi)用。由于地下車庫及儲(chǔ)物間銷售收入遠(yuǎn)遠(yuǎn)低于計(jì)稅成本，所以地下車庫及儲(chǔ)物間的處理方式是一個(gè)開發(fā)項(xiàng)目土地增值稅稅負(fù)高低的決定性因素，將車庫及地下儲(chǔ)物間出售后再進(jìn)行土地增值稅清算，會(huì)適當(dāng)降低項(xiàng)目土地增值稅稅負(fù)。
清算實(shí)務(wù)中，對(duì)于其他公共配套設(shè)施，需提供移交相關(guān)部門的證明，否則作為可售面積處理。因此，公共配套設(shè)施及人防的移交手續(xù)為土地增值稅清算的制約性條件，直接決定稅負(fù)的高低。
（四）無法分別核算增值額的項(xiàng)目，按可售建筑面積平均分配計(jì)稅成本。
根據(jù)清算法規(guī)中普通標(biāo)準(zhǔn)住宅（以下簡稱普宅）的判斷標(biāo)準(zhǔn)，將可售面積劃分為普標(biāo)可售面積及其他商品房可售面積。
《財(cái)政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于土地增值稅一些具體問題規(guī)定的通知》（財(cái)稅字〔1995〕第48號(hào)）第十三規(guī)定，對(duì)納稅人既建普宅又搞其他房地產(chǎn)開發(fā)的，應(yīng)分別核算增值額。不分別核算增值額或不能準(zhǔn)確核算增值額的，其建造的普宅不能適用增值率低于20%的免稅規(guī)定。
北京市的清算條款規(guī)定與財(cái)政部、國家稅務(wù)總局發(fā)布的文件一致，但在清算實(shí)務(wù)中執(zhí)行口徑有所變化。在2011年之前進(jìn)行清算的項(xiàng)目，普宅及其他商品房不能分別核算增值額時(shí)，允許按照項(xiàng)目整體增值金額計(jì)算繳納土地增值稅。當(dāng)企業(yè)普宅增值額為負(fù)數(shù)時(shí)，放棄享受普宅免稅政策會(huì)降低土地增值稅稅負(fù)，清算企業(yè)會(huì)以各種借口說明無法準(zhǔn)確核算普宅及其他商品房的增值額以達(dá)到降低稅負(fù)的目的。因此，自2012年之后，對(duì)于無法分別準(zhǔn)確核算增值額的項(xiàng)目，稅務(wù)機(jī)關(guān)要求按照可售建筑面積平均分配普宅及其他商品房計(jì)稅成本，分配計(jì)算普宅及其他商品房增值額繳納土地增值稅。
