目前信用社內(nèi)控制度或多或少都存在著一些問(wèn)題，具體來(lái)說(shuō)主要表現(xiàn)在以下五個(gè)方面：
（一）思想認(rèn)識(shí)不到位。信用社的部分領(lǐng)導(dǎo)重業(yè)務(wù)輕管理的思想，對(duì)信用社內(nèi)控機(jī)制的指導(dǎo)思想不明確，內(nèi)控意識(shí)淡薄，對(duì)加強(qiáng)內(nèi)控機(jī)制建設(shè)的重要性和重要作用認(rèn)識(shí)膚淺，忽視了對(duì)員工的思想教育和職業(yè)道德教育，使少數(shù)員工的人生觀、道德觀、價(jià)值觀發(fā)生了偏向，員工盜用客戶(hù)資金、挪用庫(kù)款、以貸謀私等違規(guī)違紀(jì)案件時(shí)有發(fā)生，在一定程度上損害了信用社信譽(yù)和利益。
（二）規(guī)章制度不健全。按照內(nèi)部控制的要求，各信用社應(yīng)建立責(zé)任分明、平衡制約、制度健全、運(yùn)作有序的內(nèi)控機(jī)制。但實(shí)際工作中，還不同程度地存在著制度不健全，制度建設(shè)滯后的現(xiàn)象。主要表現(xiàn)在規(guī)章制度缺乏全面性、系統(tǒng)性和科學(xué)性，對(duì)一些業(yè)務(wù)經(jīng)營(yíng)存在監(jiān)控盲區(qū)；有些規(guī)章制度已不適應(yīng)業(yè)務(wù)發(fā)展需要，須重新修訂，加以完善；在新業(yè)務(wù)開(kāi)發(fā)推廣或新的管理模式推行時(shí)，沒(méi)有及時(shí)制訂相應(yīng)配套的規(guī)章制度，目前農(nóng)村信用社在內(nèi)控制度建設(shè)中重此輕彼，各取所需，缺乏系統(tǒng)性和前瞻性，影響了內(nèi)控制度建設(shè)整體作用的發(fā)揮。制度未能覆蓋所有的重要業(yè)務(wù)流程和風(fēng)險(xiǎn)點(diǎn)，出現(xiàn)無(wú)章可循。
（三）制度執(zhí)行不到位。農(nóng)村信用社的內(nèi)控制度，是長(zhǎng)期以來(lái)人們?cè)诳偨Y(jié)發(fā)展經(jīng)驗(yàn)和教訓(xùn)的基礎(chǔ)上產(chǎn)生的，起了未雨綢繆、亡羊補(bǔ)牢的作用，在業(yè)務(wù)運(yùn)作中必須嚴(yán)格執(zhí)行。內(nèi)控制度執(zhí)行監(jiān)督不力，責(zé)任難落實(shí)，處罰力度不夠。目前大部分農(nóng)村信用社未執(zhí)行事后監(jiān)督制度，無(wú)監(jiān)控設(shè)備，一人臨柜的現(xiàn)象時(shí)有發(fā)生，對(duì)內(nèi)控制度執(zhí)行的監(jiān)督流于形式。一些檢查往往停留在對(duì)業(yè)務(wù)憑證的審查和賬務(wù)核對(duì)上，并且存在著重錄入輕審查、重憑證要素輕資金對(duì)轉(zhuǎn)關(guān)系、重賬表核對(duì)輕內(nèi)部科目對(duì)應(yīng)關(guān)系，不能進(jìn)行全面的檢查和對(duì)風(fēng)險(xiǎn)的評(píng)估，造成內(nèi)控制度執(zhí)行中的深層次問(wèn)題難以發(fā)現(xiàn)。
（四）檢查監(jiān)督不到位。雖然現(xiàn)在大多數(shù)聯(lián)社都配備了專(zhuān)職稽核員，但還存在稽核檢查力量薄弱、功能不全、監(jiān)控檢查不到位等問(wèn)題，與業(yè)務(wù)發(fā)展要求不相適應(yīng)。內(nèi)部監(jiān)督機(jī)制不完善。主要表現(xiàn)在隨著電子化建設(shè)步伐的加快，與之相應(yīng)的計(jì)算機(jī)信息系統(tǒng)內(nèi)部控制尚未建立，對(duì)計(jì)算機(jī)程序的設(shè)計(jì)、運(yùn)行以及計(jì)算機(jī)數(shù)據(jù)流向過(guò)程沒(méi)有有效監(jiān)督；由于稽查人員業(yè)務(wù)知識(shí)不全面，致使對(duì)計(jì)算機(jī)、國(guó)際業(yè)務(wù)、中間業(yè)務(wù)等方面失去有效監(jiān)控；監(jiān)察稽查以事后監(jiān)督為主，往往是亡羊補(bǔ)牢，事后補(bǔ)救，缺少事前、事中的監(jiān)督；職能部門(mén)對(duì)各項(xiàng)規(guī)章制度的執(zhí)行情況督促檢查不力，無(wú)法達(dá)到內(nèi)部制衡的目的。
（五）缺乏內(nèi)控激勵(lì)機(jī)制。 即使有些地方規(guī)章制度健全，執(zhí)行力度到位，但管理監(jiān)控性、強(qiáng)制性、約束性的多，缺乏激勵(lì)性的內(nèi)控機(jī)制。在出資者經(jīng)營(yíng)者關(guān)系中，要強(qiáng)化激勵(lì)與約束，就必須對(duì)經(jīng)營(yíng)者實(shí)現(xiàn)責(zé)任（利益）的貨幣化和契約化（法律化），但現(xiàn)實(shí)中信用社主任及經(jīng)營(yíng)管理層的報(bào)酬非貨幣化和責(zé)任非契約化十分明顯，出了事故、風(fēng)險(xiǎn)，可以按規(guī)定扣工資獎(jiǎng)金和無(wú)限賠付，但做出業(yè)績(jī)、做大規(guī)模卻不能隨之增加收入，沒(méi)有引進(jìn)股份制商業(yè)銀行的業(yè)績(jī)工資制，因而不能調(diào)動(dòng)經(jīng)營(yíng)管理者的積極性和創(chuàng)造性。
