現(xiàn)行科學(xué)事業(yè)單位會(huì)計(jì)核算在反映科研經(jīng)費(fèi)特點(diǎn)上，尚有一些不足之處。比如會(huì)計(jì)科目設(shè)置與預(yù)算科目設(shè)置不一致。不同經(jīng)費(fèi)沒(méi)有統(tǒng)一的成本核算科目，執(zhí)行不同經(jīng)費(fèi)管理辦法，按照不同預(yù)算支出科目進(jìn)行支出核算。同時(shí)，現(xiàn)行的會(huì)計(jì)核算科目與預(yù)算支出科目之間也沒(méi)有明顯的對(duì)應(yīng)關(guān)系。
為實(shí)現(xiàn)會(huì)計(jì)科目與預(yù)算科目相銜接，收入科目設(shè)置上，在財(cái)政補(bǔ)助收入科目下，我們可按照財(cái)政設(shè)置的科研專項(xiàng)資金類別設(shè)立明細(xì)科目，科學(xué)事業(yè)單位在收到財(cái)政資金時(shí)按照其來(lái)源分別入賬；支出上，建議統(tǒng)一各專項(xiàng)科研項(xiàng)目的預(yù)算科目，確定預(yù)算支出科目與單位多個(gè)會(huì)計(jì)核算科目之間的映射關(guān)系，以利于財(cái)務(wù)核算的統(tǒng)一性和可比性，為提高整體核算質(zhì)量打下堅(jiān)實(shí)的基礎(chǔ)，以利于預(yù)算執(zhí)行與比較。
會(huì)計(jì)核算時(shí)要考慮到對(duì)預(yù)算執(zhí)行的控制。科學(xué)事業(yè)單位會(huì)計(jì)制度上要突出要求單位每月結(jié)轉(zhuǎn)財(cái)政資金收入、支出，計(jì)算每月財(cái)政資金的結(jié)轉(zhuǎn)和結(jié)余，從而將財(cái)政預(yù)算資金的管理從結(jié)果管理（強(qiáng)調(diào)預(yù)算零結(jié)余）轉(zhuǎn)變成過(guò)程管理（強(qiáng)調(diào)預(yù)算執(zhí)行），相應(yīng)科目設(shè)置上也要對(duì)應(yīng)財(cái)政資金類別分別設(shè)置相應(yīng)結(jié)轉(zhuǎn)與結(jié)余科目。對(duì)于基建支出，建議考慮將基建支出與科研支出合并統(tǒng)一核算，將基建支出作為一個(gè)項(xiàng)目支出核算，同時(shí)對(duì)基建支出的原始票據(jù)進(jìn)行復(fù)印，用復(fù)印件作為依據(jù)，按照基建經(jīng)費(fèi)管理要求做基建輔助賬。
會(huì)計(jì)核算上，如何做到真正的科研項(xiàng)目全成本核算？我們建議科研成本核算參考制造成本法思路，將科研成本分科研直接材料成本、科研直接人工成本和科研間接成本，科研項(xiàng)目經(jīng)費(fèi)安排上考慮科研直接人工成本和科研間接成本，會(huì)計(jì)核算上則以權(quán)責(zé)發(fā)生制為基礎(chǔ)，將科研單位公共資源的資產(chǎn)占用成本通過(guò)折舊等攤銷方式進(jìn)科研項(xiàng)目成本，真正實(shí)現(xiàn)科研項(xiàng)目經(jīng)費(fèi)的全成本核算。對(duì)科研間接成本進(jìn)行分類并制定統(tǒng)一的分?jǐn)倶?biāo)準(zhǔn)，在預(yù)算中充分考慮間接費(fèi)用，科研承擔(dān)單位在核算中嚴(yán)格執(zhí)行預(yù)算金額，控制間接費(fèi)用的開(kāi)支，這樣可以鼓勵(lì)單位多爭(zhēng)取科研項(xiàng)目來(lái)不斷提高科研水平，積累單位自有資金，改善單位科研環(huán)境和公共設(shè)施，提高科研人員待遇，調(diào)動(dòng)科研單位和科研人員積極性。
