一、《指引》和《辦法》的相同之處
（1）研發(fā)活動范圍基本相同?！吨敢泛汀掇k法》中均規(guī)定企業(yè)從事的研發(fā)活動必須屬于《國家重點支持的高新技術領域》，《辦法》中還要求必須同時屬于國家發(fā)展改革委員會等部門公布的《當前優(yōu)先發(fā)展的高技術產(chǎn)業(yè)化重點領域指南》規(guī)定的范圍，兩者基本相同；（2）研發(fā)項目的確定基本相同。《指引》中的研發(fā)項目是指“不重復的，具有獨立時間、財務安排和人員配置的研發(fā)活動”；《辦法》中規(guī)定的研發(fā)項目是由企業(yè)總經(jīng)理辦公會或董事會以決議文件形式批準立項的研發(fā)項目，兩者實質(zhì)基本相同，角度不同；（3）賬簿設置基本相同?！吨敢泛汀掇k法》中均要求企業(yè)必須建立研發(fā)費用投入核算體系，對研發(fā)費用實行專賬管理，建立專項明細賬；（4）科目設置完全相同。兩者均須按照會計準則規(guī)定設置核算研發(fā)費用的會計科目；（5）費用歸集方式基本相同?！吨敢泛汀掇k法》中均規(guī)定企業(yè)應按照不同研發(fā)項目分別歸集直接費用和可以計入的間接費用；
二、《指引》和《辦法》的不同之處
（一）比例不同
《辦法》沒有比例限制，而《指引》中限制比例較多，如：
（1）人員比例要求具有大學專科以上學歷的科技人員占企業(yè)當年職工總數(shù)的30%以上，其中研發(fā)人員占企業(yè)當年職工總數(shù)的10%以上；
（2）研發(fā)費用比例要求，近三個會計年度的研究開發(fā)費用總額占銷售收入總額的比例符合如下要求：
①最近一年銷售收入小于5,000萬元的企業(yè)，比例不低于6%；
②最近一年銷售收入在5,000萬元至20,000萬元的企業(yè)，比例不低于4%；
③最近一年銷售收入在20,000萬元以上的企業(yè)，比例不低于3%。其中，企業(yè)在中國境內(nèi)發(fā)生的研究開發(fā)費用總額占全部研究開發(fā)費用總額的比例不低于60%；
（3）高新技術產(chǎn)品（服務）收入占企業(yè)當年總收入的60%以上；
（4）企業(yè)在中國境內(nèi)發(fā)生的研究開發(fā)費用總額占全部研究開發(fā)費用總額的比例不低于60%；
（5）其他費用比例要求不能超過總研發(fā)費用的10%。
（二）范圍不同
《辦法》規(guī)定的抵扣范圍采用列舉法，沒有列舉到得費用是不能抵扣的，《指引》沒有明確要求。
（1）在人員人工費用規(guī)定方面，《辦法》所列人員人工費用為在職直接從事研發(fā)活動人員的工資、薪金、獎金、津貼、補貼，而不包括《指引》所列的與任職受雇相關的其他支出，如企業(yè)為研發(fā)人員繳納的五險一金支出等；
（2）在折舊費用方面，《辦法》所列折舊費用為專門用于研發(fā)活動的儀器、設備的折舊費，而《指引》包含研究開發(fā)項目在用房屋建筑物的折舊費用，以及研發(fā)設施改建、改裝、裝修和修理過程中發(fā)生的長期待攤費用；
（3）在其他費用方面，《辦法》所列其他費用包括技術圖書資料費、資料翻譯費、研發(fā)成果的論證、評審、驗收費用，而不包含《指引》所列辦公費、通信費、專利申請維護費、高新科技研發(fā)保險費等；
（4）委托外部研發(fā)時，《辦法》要求對委托開發(fā)的項目，受托方應向委托方提供該研發(fā)項目的費用支出明細，否則，該委托開發(fā)項目的費用支出不得實行加計扣除，而《指引》對此沒有要求;
（5）合作開發(fā)項目，《辦法》規(guī)定，對企業(yè)共同合作開發(fā)的項目，由合作各方就自身承擔的研發(fā)費用分別按照規(guī)定計算加記扣除，而《指引》對此卻沒有明確規(guī)定。
（三）備案資料不同
《辦法》要求向主管稅務機關報送資料時，應提供省及省以上經(jīng)貿(mào)、科技相關部門文件、計劃或建議書，且該文件、計劃或建議書，應能證明研究開發(fā)項目屬于《國家重點支持的高新技術領域》和國家發(fā)展改革委員會等部門公布的《當前優(yōu)先發(fā)展的高技術產(chǎn)業(yè)化重點領域指南(2007年度)》范圍，并達到省內(nèi)技術和工藝領先、具有推動作用，但《指引》對此沒有要求；
另外，國家政策中（《指引》）還有不明確和不太合理的地方。比如研發(fā)投入必須占銷售收入的一定比例中的“銷售收入”，究竟是指主營業(yè)務收入還是指營業(yè)收入；還有就是當年銷售收入在20,000萬元以上的企業(yè)，研發(fā)投入占銷售收入的比例不低于3%。2個億的銷售收入與20個億、200個億的銷售收入相差巨大，但研發(fā)投入的比例要求卻相同，似乎不太合理。
從以上兩個文件的分析比較可以看出，《辦法》規(guī)定的可加計扣除的研究開發(fā)費用與《指引》所歸集的研究開發(fā)費用存在很大的差異。按《辦法》歸集的研究開發(fā)費用的口徑大大小于按《指引》要求歸集的研究開發(fā)費用，這些費用的扣除都非常強調(diào)相關性原則，即只有與研究開發(fā)活動直接有關的費用才能加計扣除。因此，高新技術企業(yè)進行研究開發(fā)費用加計扣除和高新技術企業(yè)備案時必須加以注意，一定要嚴格按照《辦法》和《指引》的不同要求分別整理資料進行備案，否則存在潛在的風險，尤其是現(xiàn)在《辦法》和《指引》都采用備案制，備案制與審批制存在著實質(zhì)性的差別。
