《國家稅務(wù)總局關(guān)于房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)土地增值稅清算管理有關(guān)問題的通知》（國稅發(fā)〔2006〕187號）規(guī)定，自2007年2月1日起直接轉(zhuǎn)讓土地使用權(quán)的，納稅人應(yīng)進(jìn)行土地增值稅的清算。
在具體計(jì)算土地增值稅的扣除項(xiàng)目金額時(shí)，國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)《土地增值稅宣傳提綱》的通知（國稅函發(fā)〔1995〕110號）、《財(cái)政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于土地增值稅一些具體問題規(guī)定的通知》（財(cái)稅〔1995〕48號）、《財(cái)政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于土地增值稅若干問題的通知》（財(cái)稅〔2006〕21號）等文件中有詳細(xì)規(guī)定，納稅人應(yīng)注意區(qū)分以下6種情況。
?。ㄒ唬θ〉猛恋鼗蚍康禺a(chǎn)使用權(quán)后，未進(jìn)行開發(fā)即轉(zhuǎn)讓的，計(jì)算其增值額時(shí)，只允許扣除取得土地使用權(quán)時(shí)支付的地價(jià)款、交納的有關(guān)費(fèi)用，以及在轉(zhuǎn)讓環(huán)節(jié)繳納的稅金，不能依照《土地增值稅暫行條例實(shí)施細(xì)則》的規(guī)定，享受20%加計(jì)扣除的政策規(guī)定。這項(xiàng)規(guī)定的目的是抑制“炒”買“炒”賣地皮的行為。
?。ǘθ〉猛恋厥褂脵?quán)后投入資金，將生地變?yōu)槭斓剞D(zhuǎn)讓的，計(jì)算其增值額時(shí)，允許扣除取得土地使用權(quán)時(shí)支付的地價(jià)款、交納的有關(guān)費(fèi)用，和開發(fā)土地所需成本再加計(jì)開發(fā)成本的20%以及在轉(zhuǎn)讓環(huán)節(jié)繳納的稅金。這里的生地是指不具有城市基礎(chǔ)設(shè)施的土地，熟地是指具有完善的城市基礎(chǔ)設(shè)施且土地平整，能直接在其上進(jìn)行房屋建設(shè)的土地。
?。ㄈθ〉猛恋厥褂脵?quán)后進(jìn)行房地產(chǎn)開發(fā)建造的，在計(jì)算其增值額時(shí)，允許扣除取得土地使用權(quán)時(shí)支付的地價(jià)款和有關(guān)費(fèi)用、開發(fā)土地和新建房及配套設(shè)施的成本和規(guī)定的費(fèi)用、轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)有關(guān)的稅金，并允許加計(jì)20％的扣除。需要說明的是，計(jì)算土地增值稅時(shí)，按取得土地使用權(quán)所支付的金額與房地產(chǎn)開發(fā)成本之和加計(jì)20％的扣除規(guī)定僅適用于從事房地產(chǎn)開發(fā)的納稅人。
?。ㄋ模τ谝苑康禺a(chǎn)進(jìn)行投資、聯(lián)營的，投資、聯(lián)營的一方以土地（房地產(chǎn)）作價(jià)入股進(jìn)行投資或作為聯(lián)營條件，將房地產(chǎn)轉(zhuǎn)讓到所投資、聯(lián)營的企業(yè)中時(shí)，暫免征收土地增值稅。對投資、聯(lián)營企業(yè)將上述房地產(chǎn)再轉(zhuǎn)讓的，應(yīng)征收土地增值稅。但對于以土地（房地產(chǎn)）作價(jià)入股進(jìn)行投資或聯(lián)營的，凡所投資、聯(lián)營的企業(yè)從事房地產(chǎn)開發(fā)的，或者房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)以其建造的商品房進(jìn)行投資和聯(lián)營的，均不適用《財(cái)政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于土地增值稅一些具體問題規(guī)定的通知》（財(cái)稅字〔1995〕048號）第一條暫免征收土地增值稅的規(guī)定。
?。ㄎ澹┮虺鞘袑?shí)施規(guī)劃，國家建設(shè)的需要而被政府批準(zhǔn)征用的房產(chǎn)或收回的土地使用權(quán)免征土地增值稅。
?。┪崔k理土地使用權(quán)證轉(zhuǎn)讓土地也應(yīng)依法繳納土地增值稅等相關(guān)稅收。《國家稅務(wù)總局關(guān)于未辦理土地使用權(quán)證轉(zhuǎn)讓土地有關(guān)稅收問題的批復(fù)》（國稅函〔2007〕645號）規(guī)定，土地使用者轉(zhuǎn)讓、抵押或置換土地，無論其是否取得了該土地的使用權(quán)屬證書，無論其在轉(zhuǎn)讓、抵押或置換土地過程中是否與對方當(dāng)事人辦理了土地使用權(quán)屬證書變更登記手續(xù)，只要土地使用者享有占有、使用、收益或處分該土地的權(quán)利，且有合同等證據(jù)表明其實(shí)質(zhì)轉(zhuǎn)讓、抵押或置換了土地并取得了相應(yīng)的經(jīng)濟(jì)利益，土地使用者及其對方當(dāng)事人應(yīng)當(dāng)依照稅法規(guī)定繳納營業(yè)稅、土地增值稅和契稅等相關(guān)稅收。
房地產(chǎn)企業(yè)轉(zhuǎn)讓土地使用權(quán)，計(jì)繳土地增值稅時(shí)，可以扣除已繳納的稅款。這些稅款包括：轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)時(shí)繳納的營業(yè)稅、城市維護(hù)建設(shè)稅、印花稅。
?。ㄒ唬敦?cái)政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于土地增值稅一些具體問題規(guī)定的通知》（財(cái)稅字〔1995〕048）號）規(guī)定，土地增值稅暫行條例細(xì)則中規(guī)定允許扣除的印花稅，是指在轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)時(shí)繳納的印花稅。房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)按照《施工、房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)財(cái)務(wù)制度》的有關(guān)規(guī)定，其繳納的印花稅列入管理費(fèi)用，已相應(yīng)予以扣除。其他的土地增值稅納稅義務(wù)人在計(jì)算土地增值稅時(shí)允許扣除在轉(zhuǎn)讓時(shí)繳納的印花稅。同時(shí)根據(jù)《財(cái)政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于印花稅若干政策的通知》（財(cái)稅〔2006〕162號）規(guī)定，對土地使用權(quán)出讓合同、土地使用權(quán)轉(zhuǎn)讓合同按產(chǎn)權(quán)轉(zhuǎn)移書據(jù)征收印花稅。
?。ǘ┮蜣D(zhuǎn)讓房地產(chǎn)交納的教育費(fèi)附加，也可視同稅金予以扣除。城建稅由于隨營業(yè)稅隨征，在實(shí)際繳納營業(yè)稅時(shí)，據(jù)實(shí)扣除。
?。ㄈ┰跔I業(yè)稅的計(jì)稅扣除方面，根據(jù)《財(cái)政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于營業(yè)稅若干政策問題的通知》（財(cái)稅〔2003〕16號）規(guī)定，單位和個(gè)人轉(zhuǎn)讓在建項(xiàng)目時(shí)，不管是否辦理立項(xiàng)人和土地使用人的更名手續(xù)，其實(shí)質(zhì)是發(fā)生了轉(zhuǎn)讓不動(dòng)產(chǎn)所有權(quán)或土地使用權(quán)的行為。對于轉(zhuǎn)讓在建項(xiàng)目行為應(yīng)按以下辦法征收營業(yè)稅：（1）轉(zhuǎn)讓已完成土地開發(fā)或正在進(jìn)行土地前期開發(fā)，但尚未進(jìn)入施工階段的在建項(xiàng)目，按“轉(zhuǎn)讓無形資產(chǎn)”稅目中“轉(zhuǎn)讓土地使用權(quán)”項(xiàng)目征收營業(yè)稅。
?。?）轉(zhuǎn)讓已進(jìn)入建筑施工階段的在建項(xiàng)目，按“銷售不動(dòng)產(chǎn)”稅目征收營業(yè)稅。在建項(xiàng)目是指立項(xiàng)建設(shè)尚未完工的房地產(chǎn)項(xiàng)目或其他建設(shè)項(xiàng)目。同時(shí)根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)土地增值稅清算管理有關(guān)問題的通知》（國稅發(fā)〔2006〕187號）規(guī)定，整體轉(zhuǎn)讓未竣工決算房地產(chǎn)開發(fā)項(xiàng)目的也應(yīng)按規(guī)定進(jìn)行土地增值稅的清算。
在計(jì)稅依據(jù)的確定上，財(cái)稅〔2003〕16號同時(shí)規(guī)定，單位和個(gè)人銷售或轉(zhuǎn)讓其購置的不動(dòng)產(chǎn)或受讓的土地使用權(quán)，以全部收入減去不動(dòng)產(chǎn)或土地使用權(quán)的購置或受讓原價(jià)后的余額為營業(yè)額。營業(yè)額減除項(xiàng)目支付款項(xiàng)憑證必須是發(fā)票或合法有效憑證。
