農(nóng)村土地流轉(zhuǎn)在改變農(nóng)村面貌、激發(fā)農(nóng)業(yè)生產(chǎn)活力并促進農(nóng)民富裕的同時也產(chǎn)生了一些問題，有些甚至激化為法律糾紛或群體事件，尤其是集體建設(shè)用地流轉(zhuǎn)和耕地的非農(nóng)流轉(zhuǎn)，更是農(nóng)村土地流轉(zhuǎn)問題的焦點。而在這些問題的背后，一方面是集體土地法律權(quán)屬地位模糊與市場身份不確定等體制制度性原因所致，另一方面是基層政府和村組織乃至部分農(nóng)民法律意識淡薄所致。
從宏觀層面看，一是按照《土地管理法》規(guī)定，集體建設(shè)用地具體區(qū)分為規(guī)劃建設(shè)用地和建設(shè)項目用地，而從規(guī)劃建設(shè)用地變?yōu)榻ㄔO(shè)項目用地須逐批逐次審批，但現(xiàn)實是集體建設(shè)用地大多為規(guī)劃用地，而土地流轉(zhuǎn)受讓一方一般愿意承租規(guī)劃用地而非項目用地。如果嚴格按照《土地管理法》規(guī)定流轉(zhuǎn)，那么集體建設(shè)用地的市場價值就會縮水，而如果將規(guī)劃用地納入流轉(zhuǎn)之列，耕地保護又成問題，現(xiàn)實中一些規(guī)劃農(nóng)地在“生態(tài)農(nóng)業(yè)”、“設(shè)施農(nóng)業(yè)”、“家庭農(nóng)場”名義下流轉(zhuǎn)后實際上都成了變相的旅游項目、工業(yè)項目甚至房地產(chǎn)開發(fā)項目，如何處理好保護耕地與促進農(nóng)民致富這一關(guān)系對相關(guān)部門來說是一個難題。二是目前在農(nóng)村，特別是在東部沿海農(nóng)村地區(qū)，真正符合規(guī)劃用途管制要求的集體建設(shè)用地數(shù)量有限，一些村委會和鄉(xiāng)鎮(zhèn)政府為招商引資和為集體創(chuàng)收，便通過“以租代征”來逃避用途管制，如在經(jīng)濟發(fā)達的珠江三角洲地區(qū)，流轉(zhuǎn)的集體建設(shè)用地竟超過實際集體建設(shè)用地的50%，基本上通過“出租”來實現(xiàn)，即便是在一些經(jīng)濟欠發(fā)達地區(qū)，這一比例也超過20%。流轉(zhuǎn)量大大超過存量并以“出租”形式流轉(zhuǎn)意味著越來越多的耕地被占用，一些集體土地被擅自改變原本屬于農(nóng)業(yè)或公益的用途，直接導(dǎo)致對集體土地的“掠奪性”開發(fā)。三是一些地方政府長期依賴廉價征收集體土地取得財政收入，故對農(nóng)村集體建設(shè)用地流轉(zhuǎn)不積極、不作為。四是我國幅員遼闊，地區(qū)差別很大，靠近大城市的農(nóng)村和東部沿海地區(qū)集體土地流轉(zhuǎn)乃至資本化相當(dāng)普遍，級差地租等土地的財富效應(yīng)明顯，而遠離大城市的農(nóng)村和中西部地區(qū)經(jīng)濟落后，對土地等生產(chǎn)要素需求較少，集體土地流轉(zhuǎn)甚至要靠政府規(guī)定最低保護價才不至于以象征性價格出讓，地區(qū)差別所導(dǎo)致的苦樂不均現(xiàn)象十分嚴重。五是由于法律權(quán)屬模糊與市場地位不明確，在集體土地流轉(zhuǎn)，特別是集體建設(shè)用地流轉(zhuǎn)中引發(fā)了許多利益糾紛，當(dāng)?shù)卣蠖嘀荒懿扇∠⑹聦幦松踔烈哉鲥X“買單”的方式維穩(wěn)，給財政造成了不應(yīng)有的負擔(dān)，也損害了政府公信力和法律權(quán)威，致使少數(shù)過激者有恃無恐，屢屢挑戰(zhàn)法律底線。
從微觀層面看，一是在城鄉(xiāng)接合部集體建設(shè)用地的流轉(zhuǎn)有相當(dāng)一部分是從事“小產(chǎn)權(quán)房”的開發(fā)，這類開發(fā)一般由村委會或鄉(xiāng)鎮(zhèn)政府主導(dǎo)開發(fā)，以“舊村改造”、“村鎮(zhèn)建設(shè)”、“新農(nóng)村建設(shè)”等名義，利用集體建設(shè)用地乃至農(nóng)民宅基地建設(shè)住房，滿足當(dāng)?shù)剞r(nóng)民的居住需求后，將其余部分進行市場銷售，所獲收益歸集體所有，向村民分紅?！靶‘a(chǎn)權(quán)房”所占用的集體建設(shè)用地既不是規(guī)劃中的住宅開發(fā)土地，也沒有繳納土地出讓金，更沒有土地使用和住宅開發(fā)許可證，它的存在嚴重擾亂了正常的房地產(chǎn)市場秩序，也導(dǎo)致農(nóng)村集體建設(shè)用地管理失控，國家稅費收入大量流失，交易雙方利益均得不到法律保障。二是農(nóng)民利用宅基地建房出租出售給農(nóng)民工或城市居民的情形在城郊非常普遍，已經(jīng)形成了一個規(guī)模巨大的宅基地和私有房屋的隱形交易市場，由于這些房地產(chǎn)不在政府規(guī)劃之列，基礎(chǔ)設(shè)施和公共服務(wù)無從保障。三是農(nóng)村建設(shè)用地開發(fā)主體大多是村委會和鄉(xiāng)鎮(zhèn)政府，在巨大的利益誘惑下，少數(shù)基層干部徇私舞弊，侵吞集體財產(chǎn)，引發(fā)農(nóng)民群眾的義憤，甚至引發(fā)群體事件，影響社會穩(wěn)定。四是部分村集體和村民對土地流轉(zhuǎn)收入“吃光拿光”，既不留集體公積金、公益金之類的積累，也不償還集體經(jīng)濟組織債務(wù)，甚至也不參加社會保險，而“吃光拿光”后，村民生活無保障，還是要找政府解決，造成新的社會問題。五是耕地流轉(zhuǎn)模式五花八門，許多流轉(zhuǎn)模式隨意使用，缺乏法律依據(jù)，極易引發(fā)流轉(zhuǎn)糾紛。六是部分沿海農(nóng)村地區(qū)為推進城市化而嘗試農(nóng)民進城的“三置換”，其中就有農(nóng)民宅基地置換城市住宅和農(nóng)民承包田置換城市社會保險，然而在承包田局限在內(nèi)部流轉(zhuǎn)，宅基地不能上市交易的制度限制下，這些做法存在嚴重的合法合規(guī)性疑問，容易留下隱患。
