國家稅務(wù)總局下發(fā)《關(guān)于外貿(mào)企業(yè)丟失增值稅專用發(fā)票抵扣聯(lián)出口退稅有關(guān)問題的通知》（國稅函〔2010〕162號）分兩類情況進(jìn)行了明確。
一是發(fā)票聯(lián)與抵扣聯(lián)全部丟失時(shí)。根據(jù)文件規(guī)定，外貿(mào)企業(yè)丟失已開具增值稅專用發(fā)票聯(lián)和抵扣聯(lián)的，在增值稅專用發(fā)票認(rèn)證相符后，可憑增值稅專用發(fā)票記賬聯(lián)復(fù)印件及銷售方所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)出具的《丟失增值稅專用發(fā)票已報(bào)稅證明單》，經(jīng)購買方主管稅務(wù)機(jī)關(guān)審核同意后，向主管出口退稅的稅務(wù)機(jī)關(guān)申報(bào)出口退稅。文件首次明確在丟失已開具增值稅專用發(fā)票聯(lián)和抵扣聯(lián)的情況下，通過認(rèn)證相符記賬聯(lián)可以作為外貿(mào)企業(yè)申報(bào)并計(jì)算出口退稅的依據(jù)。
二是有發(fā)票聯(lián)但抵扣聯(lián)丟失時(shí)。根據(jù)文件規(guī)定，外貿(mào)企業(yè)只丟失已開具增值稅專用發(fā)票抵扣聯(lián)的，在增值稅專用發(fā)票認(rèn)證相符后，可憑增值稅專用發(fā)票發(fā)票聯(lián)復(fù)印件向主管出口退稅的稅務(wù)機(jī)關(guān)申報(bào)出口退稅。
另外，有兩點(diǎn)需要注意。
一是根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于調(diào)整增值稅抵扣憑證抵扣期限有關(guān)問題的通知》（國稅函〔2009〕617號），自2010年1月1日起，增值稅專用發(fā)票等抵扣憑證抵扣期限，由90天調(diào)整為180天。那么，外貿(mào)企業(yè)只丟失已開具增值稅專用發(fā)票（發(fā)票聯(lián)或抵扣聯(lián)），如還未認(rèn)證的應(yīng)在規(guī)定期限的180天內(nèi)及時(shí)進(jìn)行認(rèn)證，并按上述兩類情況的要求辦理出口退稅的有關(guān)事宜。二是對于各地主管出口退稅的稅務(wù)機(jī)關(guān)為了加強(qiáng)出口退稅審核與管理，在增值稅專用發(fā)票信息比對無誤的情況下，才能按按現(xiàn)行出口退稅規(guī)定辦理外貿(mào)企業(yè)丟失已開具增值稅專用發(fā)票的出口退稅事宜。
《國家稅務(wù)總局關(guān)于項(xiàng)目運(yùn)營方利用信托資金融資過程中增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額抵扣問題的公告》（國家稅務(wù)總局公告2010年第8號）規(guī)定，自2010年10月1日起，項(xiàng)目運(yùn)營方利用信托資金融資進(jìn)行項(xiàng)目建設(shè)開發(fā)經(jīng)營模式下項(xiàng)目運(yùn)營方在項(xiàng)目建設(shè)期內(nèi)取得的增值稅專用發(fā)票和其他抵扣憑證，允許其按現(xiàn)行增值稅有關(guān)規(guī)定予以抵扣。此前未抵扣的允許抵扣，已抵扣的不做進(jìn)項(xiàng)稅轉(zhuǎn)出。
特別提醒：生產(chǎn)企業(yè)通過融資租賃方式進(jìn)行采購，增值稅視同一般的采購處理，其進(jìn)項(xiàng)稅按現(xiàn)行增值稅有關(guān)規(guī)定予以抵扣而無須轉(zhuǎn)出，且允許追溯調(diào)整。該政策是2010年3月發(fā)布的《財(cái)政部、海關(guān)總署、國家稅務(wù)總局關(guān)于在天津市開展融資租賃船舶出口退稅試點(diǎn)的通知》（財(cái)稅〔2010〕24號）和《國家稅務(wù)總局融資租賃船舶出口退稅管理辦法》（國稅發(fā)〔2010〕52號）的并列從寬規(guī)定。
《國家稅務(wù)總局關(guān)于折扣額抵減增值稅應(yīng)稅銷售額問題的通知》（國稅函〔2010〕56號）明確，納稅人采取折扣方式銷售貨物，銷售額和折扣額在同一張發(fā)票上分別注明是指銷售額和折扣額在同一張發(fā)票上的“金額”欄分別注明的，可按折扣后的銷售額征收增值稅。未在同一張發(fā)票“金額”欄注明折扣額，而僅在發(fā)票的“備注”欄注明折扣額的，折扣額不得從銷售額中減除。
特別提醒：增值稅發(fā)票實(shí)行防偽稅控系統(tǒng)認(rèn)證，其金額、稅額等數(shù)據(jù)均顯示在防偽稅控系統(tǒng)中，若將折扣額填寫在備注欄中，認(rèn)證時(shí)增值稅發(fā)票的折扣額信息不能被讀取，在系統(tǒng)中顯示的銷售額為折扣前的金額，企業(yè)賬務(wù)處理按照折扣后的金額入賬，造成增值稅納稅申報(bào)時(shí)報(bào)表數(shù)據(jù)和賬務(wù)數(shù)據(jù)不一致，因此國稅函〔2010〕56號文件規(guī)定僅在備注欄注明折扣額的，折扣額不得從銷售額中減除。
